FLASH PLAYER
某些影音服務網站，例如 Vimeo 會使用 Flash Player 外掛插件來播放影片。非常遺憾的，這個外掛插件是獨立運作於洋蔥路由瀏覽器上且難以使其依照洋蔥路由瀏覽器的代理伺服器設定執行。因此它可能會洩漏您的實際地理位置和IP位址給網站營運商或任何外部的網路監聽者。基於這個理由，洋蔥路由瀏覽器是預設將 Flash Player 停用，也不建議您啟用它。
某些影音服務網站 (像是 YouTube) 提供不使用 Flash 的串流方式，這些方式可能可與洋蔥路由瀏覽器相容。
JAVASCRIPT
JavaScript 是一種程式語言，網站透過它來提供各種互動式元件例如影片、音樂、動畫、進度狀態列等。非常遺憾的是，JavaScript 也可能被利用來攻擊瀏覽器的安全機制，這可能會導致瀏覽器失去匿名性。
洋蔥路由瀏覽器預設帶有一個名為NoScript的擴充元件，您可以從漢堡選單(≡)中的「偏好設定」裡選取「自訂」(在Windows系統中為「選項」)，並將「S」圖示拉至視窗右上角，就可以針對個別網頁中的Javascript(或其他類型腳本)設定啟用或是全面停用。
對於安全性需求較高的使用者，可以將洋蔥路由瀏覽器的安全等級設定為「較安全」(針對非使用HTTPS的網站停用JavaScript功能)或是「最安全」(全面停用JavaScript功能)。然而，停用JavaScript功能會導致許多網站的頁面呈現發生錯誤，因此洋蔥路由瀏覽器預設在「標準模式」中，會啟用所有網站的JavaScript功能。
瀏覽器擴充元件
洋蔥路由瀏覽器是基於火狐狸瀏覽器改良而成，因此任何與火狐狸瀏覽器相容的擴充套件或佈景主題，都可以被安裝在洋蔥路由瀏覽器上。
然而，只有預設安裝在洋蔥路由瀏覽器上的附加元件是有經過測試的。安裝任何其他的附加元件都有可能破壞洋蔥路由瀏覽器的功能，或對您的隱私和安全性造成嚴重問題。因此，強烈建議您不要安裝任何額外的附加元件，而且洋蔥路由專案也不提供任何設定相關支援。